1999.gada jūnijā Eiropadome vienojās par jaunu politisko un militāro struktūru veidošanu, lai nodrošinātu ES operāciju stratēģisko vadību. Pamatojoties uz 2000.gada decembrī notikušās Nicas Eiropadomes lēmumiem, 2001.gada janvārī savu darbu uzsāka:
- Politiskā un drošības komiteja,
- ES Militārā komiteja,
- ES Militārais štābs.

Ņemot vērā ES militāro operāciju un civilo misiju pieredzi, kā arī pieaugošās ES aktivitātes drošības jautājumos, 2003.gada nogalē Eiropadome vienojās par papildu struktūru izveidi, lai uzlabotu ES autonomo operāciju plānošanu un vadīšanu.

Pieci nacionālie štābi, kurus Apvienotā Karaliste, Francija, Grieķija, Itālija un Vācija deklarēja kā pieejamos ES operācijām, kļuvuši par pirmo izvēles iespēju (opciju), kuru ES var izmantot savu operāciju vadīšanai.

Gadījumā, ja neviens no šiem štābiem nebūs pieejams ES operācijām, ES dalībvalstis var pieņemt lēmumu par otrās opcijas izmantošanu – ES Operāciju centra aktivizēšanu. Operāciju centrs nav pastāvīgs štābs, jo tas sāk darboties tikai krīzes situācijā. Tā kodolu veido nelies ekspertu skaits, kuri ikdienā strādā ES Militārajā štābā. Operāciju centrs ir paredzēts skaitliski nelielu operāciju vadīšanai, piemēram, kaujas grupas izmēra operācijai. ES Operāciju centrs ir Civilmilitārā elementa (CivMil Cell) sastāvdaļa, tāpēc šo centru iespējams izmantot ne tikai militāro, bet arī apvienoto civilmilitāro operāciju vajadzībām.

Arī Civilmilitārais elements tika izveidots, pamatojoties uz 2003.gada decembra Eiropadomes lēmumiem. Tā galvenie uzdevumu ir nodrošināt ES operāciju plānošanu stratēģiskajā līmenī un koordinēt ES civilo vai civilmilitāro misiju plānošanu. Civilmilitarajā elementā strādā ne tikai ES dalībvalstu militārie eksperti, bet arī civilo misiju plānošanas eksperti no ES Padomes ģenerālsekretariāta un Eiropas Komisijas.