2003. gada 29. aprīlī Ministru Kabineta (MK) apstiprinātais "Aizsardzības ministrijas nolikums" nosaka, ka Aizsardzības ministrija (AM) ir vadošā valsts pārvaldes iestāde aizsardzības nozarē, kas tieši pakļauta aizsardzības ministram.

AM izstrādā valsts aizsardzības politiku, organizē un koordinē valsts aizsardzības politikas īstenošanu, valsts politikas īstenošanu ģeodēzijas, karto­grāfijas un ģeotelpiskās informācijas jomā, kā arī valsts politikas īstenošanu militārās izglītības un zinātnes jomā.

AM darbu vada aizsardzības ministrs - civilpersona, kas ir politiski atbildīga Saeimas un Ministru prezidenta priekšā.

Ministrijas valsts sekretārs ir valsts civildienesta ierēdnis, kas vada ministrijas administratīvo darbu un nodrošina darba nepārtrauktību, mainoties ministrijas politiskajai vadībai.

Ministrijas Centrālā aparāta struktūru veido departamenti un patstāvīgās nodaļas.

2010. gada 1. janvārī ir noslēgusies aizsardzības nozares strukturālā reforma, kuras ietvaros tika optimizēti esošie Nacionālo bruņoto spēku (NBS) un AM resursi un struktūras, kā arī samazināta atsevišķu funkciju izpilde.

Pārņemot funkcijas no NBS štābiem un vienībām AM sastāvā tika iekļauti arī karavīri, līdz ar to AM no reiz civilas institūcijas ir kļuvusi par civili-militāru institūciju. Koncentrējot gan funkcijas, gan cilvēkus vienviet ir izdevies gan ietaupīt uz cilvēkresursu rēķina (integrējot militārpersonas netika palielināts AM nodarbināto personu skaits), gan panākt ātrāku un efektīvāku lēmumu pieņemšanas procesu.

Uz 2010. gada 1.janvāri Aizsardzības ministrijā bija 228 štata vietas.