Aizsardzības ministrijas budžets 1999.gadā bija 33 135 763 latu jeb 0,85 % no iekšzemes kopprodukta. Budžetā dotācijas no vispārējiem ieņēmumiem bija 30 934835 latu jeb 93,4% no visa ministrijas budžeta. Plānotie maksas pakalpojumi un citi pašu ieņēmumi(ieņēmumi no iznomātiem objektiem, Zemessardzes sniegtie pakalpojumi apsardzes nodrošināšanai, NBS Sporta kluba sniegtie pakalpojumi u.c.) sastādīja 2 200 928 latu jeb 6,6% no Aizsardzības ministrijas budžeta, bet faktiskā pašu ieņēmumu izpilde bija 1 897 025 lati.
1999.gadā Aizsardzības ministrija saņēmusi papildus finansējumu no Finansu ministrijas neparedzētiem gadījumiem plānotajiem līdzekļiem sekojošu pasākumu realizācijai:
Ls 2 960 - 1999.gada iespējamo pavasara plūdu novēršanai un to seku
likvidēšanai, Nacionālo bruņoto spēku Aviācijas bāzei;
Ls 74 180 - Nacionālo bruņoto spēku štābam, Nacionālo bruņoto spēku mobilās
medicīnas vienības līdzdalībai NATO vadītajā Starptautiskajā
humānajā operācijā Albānijā
Ls 298 850 - Baltijas miera uzturēšanas spēku bataljonam vienības nosūtīšanai
KFOR misijā
Ls 41 740 - Nacionālo bruņoto spēku štābam Latvijas mobilās medicīnas grupas
vajadzībām humānās misijas laikā Albānijā
Kopumā saņemti 417 730 latu, no kuriem 340 590 tika iekļauti Aizsardzības ministrijas budžetā ar likuma “Par valsts budžetu 1999.gadam” grozījumiem.
