1991.gada augustā-septembrī pēc neatkarības starptautiskas atzīšanas Latvija, līdzīgi kā abas pārējās Baltijas valstis, varēja patstāvīgi realizēt savu drošības politiku un reāli sākt valsts aizsardzības sistēmas veidošanu. Tomēr valsts pašaizsardzības sistēma tika sākta veidot jau 1991.gada janvāra barikāžu laikā - 24.janvārī tika izveidots Sabiedrības drošības departaments, bet pēc reālas neatkarības atgūšanas sāka veidoties arī valsts aizsardzības struktūras.
1991.gada novembrī Latvijas Republikas Augstākā Padome nolēma nodibināt Latvijas Republikas Aizsardzības ministriju. Atjaunot agrāko Latvijas Kara ministrijas nosaukumu Augstākās padomes deputāti neuzdrošinājās, baidoties, ka pasaule un vispirms jau Padomju Savienība to nesapratīs. 13.novemrī deputātu vairākums nobalsoja par Aizsardzības ministrijas izveidošanu. 19.novembra sēdē par pirmo atjaunotās Aizsardzības ministrijas ministru iecēla T.Jundzi.
Aizsardzības ministrija tika veidota uz Sabiedrības drošības departamenta bāzes, pārņemot tās materiālās vērtības un pieņemot darbā lielāko daļu departamenta darbinieku. Aizsardzības ministrijas tiešā pakļautībā nonāca arī valsts aizsardzības spēki, Nacionālā Aizsardzības akadēmija, kā arī citas ar valsts drošību saistītas struktūras.
Pēc neatkarības atjaunošanas līdz 2000.gadam bijušas 10 ministru nomaiņas, turklāt trijos no gadījumiem darbojušies tikai ministra vietas izpildītāji. Kopš 1993.gada ir bijuši šādi aizsardzības ministri:
T.Jundzis (1991.11.-1993.08.), V.Pavlovskis (1993.08.-1994.09.), J.A.Trapāns (1994.09.-1995.03.), M.Gailis (1995.03.-1995.12.), A.Krastiņš (1995.12.-1997.03.), T.Jundzis (1997.06.-1998.10.), Ģ.V.Kristovskis (1998.11.- 2004. 03.), A.Slakteris (2004.03.-2004.12.), E.Repše (2004.12-2005.12), L.Mūrniece (2005.12. - 2006.04.), A.Slakteris (2006.04. - 2007.12), V.Veldre (2007.12. - 2009.03), Imants Lieģis (2009.03. - pašreiz).
Visi aizsardzības ministri ir civilpersonas.
Pirmais Aizsardzības spēku komandieris bija pulkvedis Dainis Turlais. 1994.gada oktobrī viņa vadībā tika izveidoti Nacionālie bruņotie spēki (NBS), apvienojot Zemessardzi, Jūras spēkus, Gaisa spēkus un pārējās Aizsardzības spēku vienības. Par komandieri tika iecelts Zemessardzes pulkvedis J.Dalbiņš.
Pēc neatkarības atjaunošanas ir bijuši šādi Nacionālo bruņoto spēku komandieri: Zemessardzes pulkvedis Juris Dalbiņš (1994.10.-1998.05.), Zemessardzes pulkvedis Juris Eihmanis (1998.06.-1998.12.), Zemessardzes pulkvedis Raimonds Graube (1999.01.-2003.01), viceadmirālis Gaidis Andrejs Zeibots (2003.02.- 2006.07), brigādes ģenerālis Juris Maklakovs (2006.07. - 2010.07.), brigādes ģenerālis Raimonds Graube (07.2010. - pašreiz).
