Vienību uzturēšanas izmaksās iekļauti visa veida izdevumi, saistīti ar komunālajiem maksājumiem, degvielas iegādi, ekspluatācijas izmaksām, maksu par pakalpojumiem, enerģētisko materiālu iegādi, rezerves daļām, bruņojumu, munīciju u.c. specifiskas lietošanas materiāliem.

Vienību uzturēšanas izdevumi kopā 1999.gadā sastādīja 9 082069 latus jeb 27,4% no Aizsardzības ministrijas budžeta. Galvenie izdevumu virzieni bija sekojoši:

• izdevumi sakariem - 574 887  lati;
• VITAS pakalpojumiem - 43 497 lati;
• komandējumu un dienesta braucienu izdevumiem - 739 045 lati;
• apkurei - 290 422 lati
• elektroenerģijai - 455 605 lati
• kancelejas precēm un inventāram - 466 684 lati
• degvielas iegādei – 1 009 933 lati,
• medikamentu iegādei un veselības aizsardzības pasākumu apmaksai- 188 944 lati,
• bruņojuma, munīcijas un citu specifiskas lietošanas materiālu iegādei - 913 162 lati (t.sk. 250 000 latu apmērā tika veiktas iemaksas par helikoptera iegādi. Helikopters tika iegādāts no Aizsardzības ministrijas pamatbudžeta līdzekļiem, sadalot maksājumus divu gadu laikā (1999.g./2000.g.)) 
• ēku, būvju un telpu kārtējiem remontiem - 372 390 lati,
• veikto remontdarbu un iestāžu uzturēšanas materiāliem - 725 089lati
• ēku un būvju kapitālajiem remontiem kopumā - 457 866 lati, kas veikti sekojošos objektos:
• Speciālo uzdevumu vienības bāzes “Buļļos” remontam  Ls 150 000
• Štāba bataljona kazarmu un palīgdienestu telpu remontam  Ls 100 000
•  Alūksnes mobilo strēlnieku bataljonam obligātā militārā dienesta karavīru izvietošanai nepieciešamo kazarmu un ēdnīcas remontam  Ls 100 000
• Ieroču noliktavu remontam un ar to drošību saistīto pasākumu veikšanai  Ls 50 667
• ZS Cēsu Mācību centra virtuves un sanitāro mezglu remontam  Ls 44 950 °
• Katlu mājas apkures katla remontam Daugavpils ZS bataljonā  Ls 1848
• NBS štāba Radiocentra remontam  Ls 10 401